Prvi ruski car koji nije iz obitelji Rurik, Boris Godunov, umro je u 53. godini 13. travnja 1605. godine. Njegova je smrt obavijena tajnama i do danas se povjesničari raspravljaju o tome je li njegova smrt bila prirodna ili nasilna.
Kronični dokumenti pokazuju da je na dan svoje smrti Godunov izgledao zdrav, objedovao s velikim apetitom i popeo se na toranj s kojeg je volio pregledavati Moskvu. Zatim je sišao s nje, osjećajući se loše. Liječnik pozvan caru nije mogao ništa učiniti, car mu je iskrvario iz ušiju i nosa, ubrzo je Godunov otišao.
Kako je napisao jedan od predstavnika engleskog veleposlanika Thomasa Smitha, koji se u tom trenutku nalazio na dvoru ruskog autokrata, car je, osim mučnine i bolova u trbuhu, osjetio i umro prije dolaska liječnika.
Iznenadna smrt Borisa Godunova, bolovi u trbuhu daju razlog za sumnju da je car otrovan. Njegova je smrt bila korisna, prije svega, pristašama Lažnog Dmitrija I, čije su se trupe u to vrijeme približavale Moskvi.
U narodu se također govorilo da je sam car otrovan u naletu očaja zbog njegove nepopularnosti u narodu, gladi u zemlji i njenog zauzimanja od strane Poljaka.
Poznavajući Borisovu narav, njegov karakter, želju za vrhovnom vlašću, za koju je bio spreman na sve (optužen je za trovanje Ivana Groznog, ubojstvo Careviča Dmitrija, sina Ivana IV.), Što je i postigao, postavši de faktički vladar Rusije pod Fedorom Ivanovičem, možete sumnjati u verziju samoubojstva Godunova. Ruski narod, njegovo mišljenje o caru, bio je, najvjerojatnije, ravnodušan prema autokratu. Napredak Poljaka širom zemlje nije mogao uplašiti ni cara, jer su u ruskoj povijesti postojala još gora vremena, sjetimo se, na primjer, invazije Mongolsko-Tatara u Rusiju.
Ne treba zaboraviti da je Godunov u posljednje vrijeme često bio bolestan, a njegova smrt mogla bi biti posljedica duge bolesti autokrata.